ילידת וינה. התנצרה בבגרותה. התחילה ללמוד בלט קלאסי אצל קארל גודלבסקי. הופעתה הראשונה בווינה הייתה בתערוכה לציור מודרני ב- 1919. באותה שנה לימדה בפנימייה לבנות, ומשנת 1921 ואילך לימדה בקונסרבטוריון וינה החדש. ב- 1926 נתמנתה למרצה קבועה. הופיעה בהופעות סולו פרי עטה בפני כתות באקדמיה למוזיקה ולאמנויות, ובמקביל פיתחה סגנון כוריאוגרפי חדש עם מוטיבים אקספרסיוניסטים מודרניים.
ב- 1924 יסדה להקת מחול משלה ("להקת המחול של גרטרוד בודנוויזר"), והופיעה עמה ברחבי אירופה וביפן. הייתה זו להקת המחול המודרני הראשונה באירופה שבה השתתפה שטפי שטאל. בודנוויזר נתמנתה לכוריאוגרפית של תיאטרון וינה, והייתה גם חברה במועדון "Soroptimistenklub".
בשנת 1939 היגרה בודנווייזר לקולומביה, ואתה מחצית מחברי הלהקה. הם הופיעו בחגיגות לרגל שלוש מאות שנים לייסודה של העיר בוגוטה.
ממאי עד אוגוסט 1939 הופיעה הלהקה בניו זילנד. בספטמבר שהו במלבורן, אוסטרליה, והתאחדו עם חברי הלהקה המקורית מווינה. 1930 – 1940 המשיכה בודנוויזר במסע ההופעות, וגם שבה ללמד. היא התיישבה בסידני, והקימה שם בית ספר לבלט (1940) וגם להקת בלט חדשה (לימים "הבלט האקספרסיבי המודרני"). בלהקה היו חברים ותיקים וגם רקדנים אוסטרלים חדשים. הם סיירו בבריטניה, בדרום אפריקה, בהודו ובמקומות נוספים.
בודנוויזר היתה כוריאוגרפית ויוצרת בטלביזיה האוסטרלית, והשפיעה רבות על התפתחות הבלט המודרני באוסטרליה. היא זכתה להערכה כיוצרת וכמורה, וגם בפרסים, ביניהם פרס גרנד פרי; פרס איגוד המחול הבינלאומי (טורינו ופירנצה, איטליה, 1931); מדליית ארד בתחרות בינלאומית בפריז (1932).