יליד וינה. סיים את לימודיו בבית הספר הריאלי בשנת 1910. למד הנדסה בבית הספר הטכני הגבוה בווינה עד שנת 1914. במלחמת העולם הראשונה שירת בצבא אוסטרו-הונגריה ונפל בשבי האיטלקי מ- 1915 עד 1919. אחרי ששוחרר שב ללימודים וקיבל תואר אדריכל אזרחי בשנת 1920. בשנים 1921 – 1938 עבד כאדריכל פרטי בשותפות עם קארל הופמן בווינה. הם עבדו במינויים ובעיצוב פנים באוסטריה ובצ'כוסלובקיה, ותיכננו מבנים בווינה.
ב- 1931 אאוגנפלד שימש עוזרו של אוסקר שטרנד, מעצב במה ותיאטרון, בווינה ובלונדון. הוא השתתף בתערוכת עיצוב במילנו ב- 1933. פרסם מאמרים בכתבי עת מקצועיים באוסטריה, בגרמניה, באנגליה, באיטליה ובארצות הברית, ביניהם Modern Bauformen in Berlin; Die Buehne, Kunst und Dekoration; Das Wiener Moebel, Stuttgart.
אאוגנפלד היה חבר באיגוד האדריכלים הראשי של אוסטריה (1921 – 1938). בשנת 1938, אחרי סיפוחה של אוסטריה אל גרמניה הנאצית, גלה לאנגליה. עד שנת 1939 חי בלונדון כתושב זמני בסיועם של ידידים אנגלים ואמריקנים, עבד כאדריכל ומעצב עצמאי.
באוגוסט 1939 היגר לארצות הברית, שם עבד כאדריכל פרילאנס. מ- 1941 היה לו סטודיו משלו בניו יורק, והצטרף כחבר למכון האמריקני לאדריכלות. הוא קיבל ציון של כבוד מהמכון בשנת 1961, על עיצוב ספריית בטלינגר שנבנתה בשנים 1952 – 1956.
פליקס אאוגנפלד נפטר בניו יורק בשנת 1984.