במאה ה- 13, יצר המנזר בקלוסטרנויבורג, שבבעלותו היו קרקעות רבות, ואשר היה מעורב בעסקאות רבות, קשר עם יהודים מווינה ומסאנקט פולטן, למטרת הלוואות. נראה כי היהודים התיישבו במקום ישיבה של קבע בעשורים הראשונים של המאה ה- 14. בשנים 1350-1420 כעשרים משפחות יהודיות חיו שם. משפחות אחדות חיו גם בווינה. מבחינה חוקית היו תחת סמכותו של דוכס אוסטריה אשר רשאי היה להחרים את רכושם בכל עת. משנת 1430 היה לקהילה דיין משלה, שמונה בשל פעילותם המשפטית הנרחבת.
אלמנה ששמה פלומה, בעלת קשרים עסקיים רבים, מוזכרת לראשונה בשנת 1321, עמדה בראש משפחה יהודית בולטת ומשפיעה מאד. היא רכשה בית, שלפנים השתייך לטירה, ובו נוסד בית כנסת (כיום ברחוב אלברכטברגר מס' 4). חתנה אברהם כיהן כרב. נכדה, דוד שטויס, נהיה לימים אחד היהודים החזקים והמשפיעים באוסטריה, בשל היקף עסקיו וקשריו. ב- 1435 מתועד בקלוסטרנויבורג רופא יהודי.
היהודים בקלוסטרנויבורג נפגעו מן הרדיפות שהתחוללו אחרי עלילת לחם הקודש המחולל בפולקאו ב- 1338, אולם הקהילה לא נעלמה. גזרות וינה (1420) פגעו אף הן בחברי הקהילה. אשה אחת נטבלה לנצרות ונישאה לתושב נוצרי.