אחרי הגירוש של 1496, שבו יהודים והתיישבו בקלאגנפורט, אולם התיישבות יהודית של קבע במקום קיימת רק משנת 1885 בקירוב, ושנה אחר כך הקימו להם ארגון קהילתי. אחרי חוק הקהילה היהודית (המכיר בקהילה כנציגה הרשמית היחידה של הקהילה היהודית המאורגנת, חוק אשר תקף עד היום) של 1890, היהודים בקרינתיה ניסו לייסד ארגון משלהם, אולם מכיוון שמספרם היה כה קטן, צורפו תחת סמכותו של ה IKG של גראץ בשנת 1893.
בשנת 1895 רכשה החברה קדישא (נוסדה 1888) קרקע עבור בית עלמין בקלאגנפורט סאנקט-רופרכט. ב- 1905 רכשו מבנה בפלאצגאסה 3 עבור בית תפילה. אולם רק ב- 1923 נוסד רשמית ארגון הקהילה קלאגנפורט.
ב- 1932 חיו במקום 311 יהודים. בליל הבדולח (נובמבר 1938) נהרס פנים בית הכנסת בפלאצגאסה, הריהוט הושלך החוצה ונותץ. דירות אחדות נבזזו, והיהודים – בעיקר גברים בגיל העמידה – נעצרו וגורשו למחנות דכאו ובוכנוולד.
רק יהודים מעטים שבו לקלאגנפורט אחרי השואה, והקהילה לא שבה להתארגן. מאז 1955 דואג ה IKG של גראץ ליהודים באזור קרינתיה ומזרח טירול. המבנה בפלאצגאסה 3, ששימש כבית כנסת, ניזוק קשה בהפצצות בימי ה WANZRJR, הוא נמסר חזרה לידי הקהילה היהודית בשנת 1961, ונמכר ב- 1963.