מאז שלהי המאה ה- 13 חיו יהודים במקום. בשנת 1298 מוזכרים במסמכים מלווים בריבית מסאנקט פולטן, בווינה. ב- 1306 הואשמו יהודי המקום בחילול לחם הקודש. תושבי העיר רצחו כמעט את כולם, ובזזו את רכושם. הדוכס פרידריך צר על העיר, והאזרחים נאלצו לשלם קנס גבוה על הנזקים שגרמו ל"רכושו של הדוכס".
משנת 1309 ואילך חיו יהודים בסאנקט פולטן, והיה להם דיין ("יודנריכטר") על פי סעיף מיוחד בחוקי העיירה (1322), לראשונה בתולדות אוסטריה. היהודים היו חייבים לרשום אצל הדיין את אגרות החוב והמשכונות שלהם. יהודי העיירה נפגעו מן הרדיפות שהתחוללו אחרי עלילת לחם הקודש המחולל בפולקאו ב- 1338.