בשנים 1218-1222 הזכיר רושם העתים סזאריוס מהייסטרבאך אשה יהודיה שנטבלה לנצרות, ואת אמה. ב- 1335 מוזכר בלינץ בית כנסת, על יד השוק בעיר העתיקה. היהודים חיו בסמוך לבית הכנסת. עלייתה הכלכלית של לינץ במחצית השנייה של המאה ה- 13 משכה כפי הנראה יהודים לעיירה. במאה ה- 14 היה בעיירה יישוב יהודי קבוע ורצוף. משנת 1350 עד 1420 מתועדים בלינץ כתריסר יהודים, שמן הסתם היו בעלי משפחות. הם התפרנסו בעיקר מהלוואה בריבית, ואחרים היו סוחרי יין, בשר, תבואה ומזונות אחרים. משפחות. יהודי אחד החזיק באחוזה שהוענקה לו מאת הדוכס. יעקב יחיאל לואנס, רופאו הפרטי של הקיסר פרידריך השלישי, שהה בלינץ בשנת 1492, בחצר הקיסר. יהודי לינץ גורשו בשנת 1420. בית הכנסת הוסב לכנסייה. בשנת 1494 הורשו יהודים לבקר ביריד של לינץ.