שר שגם יהודי אוסטריה עלית נפגעו מן הגירוש עליו ציוה הקיסר לאופולד בשנת 1669 – 1670. אולם מכיוון שישבו ישיבה רצופה בבוהמיה השכנה (כיום סלובקיה והרפובליקה הצ'כית), ייתכן ולא היו לצו שיניים לגביהם, משום שהמשיכו לבוא לירידים ולשווקים מבוהמיה. בשנת 1745 יצאה פקודה להרחקתם לצמיתות של כל היהודים מאזור אוסטריה עלית, ורק תחת שלטונות של יוזף השני הורשו היהודים לשוב אל שווקי גראץ, קלאגנפורט, לייבאך ולינץ. ב- 1798 קיבלו רשות לקיים תפילות במבנה שכור. ב- 1824 יסדו בית תפילה של קבע באונטרה באדגאסה. מ- 1848 ואילך, משפחות יהודיות אחדות ישבו בלינץ ישיבה של קבע. הם היו מאורגנים באגודה משלהם והיה להם בית ספר וחדר תפילה בבאדגאסה 6.
ה IKG (ארגון הקהילות היהודיות) של לינץ נוסד רשמית ב- 1863 והשתייכו אליו יהודי כל אוסטריה עלית (להוציא את קרמס וקירשדורף). בשנת 1923 מנה הארגון 1,200 חברים. ההתפתחות הכלכלית של האזור משכה משקיעים יהודים, בעיקר מפירט ונירנברג.
ב- 1932 חיו בלינץ 1,238 יהודים. לקהילה היהודית היו מוסדות משלה, בית כנסת, בית תפילה, מקוה-טהרה בשטייר, ובית עלמין, וגם אגודת נשים.
אחרי סיפוחה של אוסטריה אל גרמניה הנאצית (מרץ 1938) נערכו מעצרים מסיביים. עד ספטמבר מספר היהודים בלינץ ירד בכשני שלישים. בליל הבדולח (נובמבר 1938) פרצו אל בית הכנסת, הרסו והציתו אותו.
אחרי המלחמה שהו בלינץ באופן זמני אלפי יהודים, חלקם ניצולי מחנות הריכוז מאוטהאוזן, ועקורים נוספים, ביניהם שמעון ויזנטל. יהודים אחדים מלינץ שבו אליה אחרי השואה, ויסדו יחד עם הפליטים את הגרעין לקהילה חדשה. בשנת 1967 – 1968 נבנה בלינץ בית כנסת חדש, בתיכנונו של האדריכל פריץ גופיצר, באותו אתר בו נהרס בית הכנסת בליל הבדולח (ברחוב בית לחם 26). ציורי הפנים נעשו על ידי האמן פריץ פרוליך.