אחרי השואה, שבו לזלצבורג רק משפחות אמידות מעטות. אלפי יהודים עקורים מן המזרח שהו בעיר באופן זמני, והיו שבחרו להתיישב במקום. זלצבורג הייתה גם תחנה עיקרית בדרכם של פליטים יהודים שביקשו לעלות לארץ ישראל דרך איטליה עם תנועת הבריחה.
בשנת 1945 נוסד בית תפילה זמני, בו חגגו את החג הראשון אחרי השואה, ראש השנה, בהשתתפות מאתיים אנשים. בשנת 1946 שהו בזלצבורג ובסביבה כעשרים אלף פליטים.
קהילת זלצבורג המחודשת נוסדה ביום 7 במאי 1953. בית הכנסת נבנה שוב בשנת 1968.
בשנת 1993 הוזמנו ניצולי השואה לבקר בעיר ממנה נמלטו. בשנת 2001 ציינה הקהילה מאה שנים לבית הכנסת העתיק. כ- 60 יהודים חיו אז בעיר. לקהילה יש בית עלמין, והיא מקיימת פגישות והרצאות בנושאי חגי ישראל, יהדות, ומדינת ישראל.