ישנן עדויות לנוכחות יהודית בזלצבורג מהמאות ה- 11 וה- 12, אולם לא לפני שנת 1283. עד שנת 1404 גרו רוב היהודים ברחוב היהודים. בשנת 1377 מוזכר לראשונה בית כנסת במקום. יהודי ששמו יצחק עבד הנהלת חשבונות עבור הארכיבישוף. בשנת 1404 חיו בעיר יותר מ- 70 יהודים.
בשנת 1346 הוענקו לשני יהודים, גסטליין וזכרייס, פריבילגיות אישיות מיוחדות, שכללו הגנה, חופש תנועה והתיישבות, ופטור ממסים. ב- 1349 אירעו פרעות ביהודים, בעקבות מגפת הדבר, והקהילה היהודית ברגנסבורג סייעה לפליטים מזלצבורג.
ב- 1404 הואשמו כל היהודים בחילול לחם הקודש, ונעצרו. הם התוודו תחת עינויים, ונשרפו. שניים מהם שלחו יד בנפשם, ואילו 25 ילדים מתחת לגיל 11, שתי נשים הרות ואדם מבוגר הביעו הסכמה להתנצר, וחייהם ניצלו. יהודים שבו והתיישבו בזלצבורג מ- 1409 ואילך, וגורשו שוב ב- 1498.