ב- 1498 היו יהודים מנועים מלגור בזלצבורג מטעם הארכיבישוף לאונהרד מקויטשאש "לנצח נצחים". רק כשיצא ה"שטאטסגרונדגזץ" של 1867, אשר התיר ליהדות אוטונומיה דתית, הורשו יהודים להתיישב שוב בזלצבורג – למרות התנגדותם הראשונית של הרשויות המקומיות. אלברט פולאק ממאטרסדורף היה היהודי הראשון אחרי 400 שנים שקיבל היתר להתיישב בעיר. פקידיו של ראש העיר אמרו לו: "אתה היהודי הראשון, אך גם האחרון והיחידי בזלצבורג!". פולאק היה מוכר ספרים וסוחר בספרים נדירים. הארכידוכס והיורש פרנץ פרדיננד נמנה על לקוחותיו. ב- 1869 חיו בזלצבורג ובסביבתה 42 יהודים. ב- 1876 עברו היהודים תחת סמכותה של IKG לינץ (הקהילה היהודית) , ורק בשנת 1911, הודות למאמציו של הרב ד"ר אלטמין, התאפשר ייסודה של קהילה יהודית עצמאית בזלצבורג.
ב- 1932 נרשמו בקהילה 241 חברים, מתוכם 109 משלמי מסים.
לקהילה היו מוסדות משלה, בית כנסת ובית עלמין (הוקמו 1893), וכן חברה קדישא, אגודת נשים, ועוד מוסדות תרבות ורווחה.
רב הקהילה בשנים 1907 – 1014 היה ד"ר אדולף אלטמן (נולד 1879, נספה 1944 במחנה ההשמדה אושוויץ), וגם בשנים 1919 – 1920. אלטמן כתב ופרסם על תולדות היהודים בזלצבורג. במלחמת העולם הראשונה שירת כרב צבאי בחזית הדרומית.
מייסדי פסטיבל זלצבורג, מקס רייהרדט והוגו פון הופמנשטאל, הביאו לשגשוג כלכלי בעיר. באותה תקופה הסופר הידוע סטפן צווייג (1881 – 1942) חי בזלצבורג (1919 – 1934). רוב יצירתו הספרותית נכתבה ב"ווילה אירופה" בקפוצינרברג. כשערכה המשטרה חיפוש אחר כלי נשק בביתו, בחודש פברואר 1934, החליט לעזוב את אוסטריה לתמיד.
מנהל התיאטרון מקס ריינהרדט (1873 – 1943) היה ממייסדי פסטיבל זלצבורג. המחזרה "הידרמן" שביים, הועלה לראשונה בדומפלאץ בזלצבורג בשנת 1920. עד 1937 חי ריינהרדט ב"קסטל לאופולדסקרון", אחר היגר לארצות הברית, ונפטר בניו יורק ב- 1943.
רוברט יונגק (1913 – 1994) היה מהבולטים שבאבותיהן הרוחניים של מהפכות הסטודנטים, של תנועת השלום ושל התנועה לאיכות הסביבה. הוא חי בזלצבורג משנת 1970. בשנת 1986 זכה בפרס נובל אלטרנטיבי, והיה מועמד למשרת נשיא פדרלי של אוסטריה בשנת 1991.
בימי השואה איבדו 230 יהודים מזלצבורג את רכושם, את ביתם, גורשו מארצם, וחלקם נרצחו. יהודים אחדים, ממשפחות מבוססות, שבו לעיר אחרי המלחמה. באופן זמני הייתה זלצבורג משכנם של אלפי עקורים ממזרח אירופה, וכמה מהם בחרו להישאר בעיר. זלצבורג גם הייתה תחנת מעבר עיקרית אל איטליה, לפליטים יהודים שניסו להגיע לארץ ישראל עם תנועת הבריחה.