על פי מקור עברי ששמו "הסליחה ליצחק בר יעקב", היו בווינר נוישטאט רדיפות נגד היהודים בשנת 1230. בהמשך הבטיח הדוכס פרידריך בכתב הבטחה לעיר וינר נוישטאט (1239), כי ידיר את היהודים ממשרות ציבוריות. בחליפת מכתבים יהודית מוזכרת קנייתו של מעיל תורה בעבור 75 מארקים, דבר המעיד על קהילה מבוססת יחסית. המבנה החברתי כלל פרנסים (יודנמייסטר – נציגי הקהילה היהודית); תלמידי חכמים; חברי הקהילה, שהיו מלווים בריבית וסוחרים; והעניים.
רוב יהודי וינר נוישטאט היו חלפני כספים, והיו גם סוחרים במתכות יקרות, בבדים, בבקר ובסוסים. בקהילה היו גם שני רופאים, מנתח, רבנים ותלמידי חכמים, וכן בית דין.
גאוותה של הקהילה הייתה על כמה ישיבות ובתי כנסת עבור הרבנים ותלמידיהם. בין הרבנים המפורסמים, "הצדיק מווינר נוישטאט", וכן שלום מנוישטאט והרב ישראל איסרלין.
בשנות ה- 50 של המאה ה- 14 פרצה מחלוקת ארוכה בין הרב מייסטרליין לבין שלושה תלמידי חכמים צעירים ותלמידיהם. תלמידי החכמים פתחו בית מדרש משלהם ולמדו שם ספרות הלכה שהרב מייסטרליין לא לימד. הרב איסרלין, שנתבקש לתווך, ויתר לבסוף וטען "אני רוצה שלום והם (יהודי וינר נוישטאט) רוצים מלחמה".
במחצית השנייה של המאה ה- 15, הייתה קהילת וינר נוישטאט מעין פרבר של יהודי סטיריה. בית הדין שימש גם כבית דין לעירעורים ליהודים ממקומות אחרים.
בשנת 1494 נהרס הרובע היהודי כמעט כליל בשריפה.
ברובע היהודי העתיק היה בית הכנסת (במקום שהיום נקרא אלרהייליגן 1), בית החולים (כיום אלרהייליגן 4) אשר נשרף ב- 1494 ולא נבנה שנית, מקווה ובית מטבחיים. ברובע החדש בית מרחץ ומגדל. הרובע היהודי, שהיה מיושב ברציפות עד 1496, כלל כ- 35 בתים של יהודים. בשנת 1480 חיו בווינר נוישטאט כ- 300 יהודים.