יהודים מווינה התיישבו כנראה בהיינבורג בתחילת המאה ה- 14. בשנת 1320 הייתה ליהודי ששמו שונדל מהיינבורג בעלות על שני בתים בווינה, שבאחד מהם שכן בית המטבחיים. בהיינבורג יש כמה שרידים ימיביניימים: מגדל בית הכנסת (ברחוב ווינר מס' 9) שימש כנראה חצרו של מעבר על בית הכנסת במס' 18, המקווה במס' 9 ובמס' 24, וברחוב האוגר מס' 31 ו- 35, ושני שברי מצבות. עד 1368 חיו במקום יהודים שגורשו מפרשבורג. בגירוש של שנת 1420 עברו כמה מיהודי היינבורג לפרשבורג (ברטיסלבה).