ב- 1284 שילמו היהודים שחיו בהאליין ובמילדורף מס של 20 מרקים כסף לארכיבישוף של זלצבורג. היה לם מקוה על יד הנהר זלצאך, מול העיר זלצבורג, ובית כנסת על יד בית העירייה.
בית הכנסת נהרס ב- 1404. בסוף המאה ה- 15 היו בהאליין שלושה משקי בית יהודים ובראשם שני גברים ואלמנה אחת. הם התפרנסו כמשכונאים. כאשר יהודי זלצבורג הואשמו בחילול לחם הקודש, נרדפו גם יהודי האליין, ובית הכנסת נחרב. ב- 1498 גורשו היהודים משטחי זלצבורג.