הקהילה היהודית בבאדן קיימת מאז 1878, ובעבר הייתה הגדולה בקהילות אוסטריה תחתית.
היינריך הרץ היה היהודי הראשון שקיבל זכות להתיישב במקום ישיבת קבע (היימאטרכט), בשנת 1822. הייתה לו מסעדה כשרה, ובית תפילה בנויגאסה (פרנץ יוזף רינג). בנו לאופולד היה היהודי הראשון שהותר לו לרכוש בית ונחלת אדמה בבאדן. הוא רכש את הבית בוואסרגאסה 14, שם הקים מסעדה כשרה ובית תפילה.
ארגון הקהילה היהודית (איזראליטישה קולטוספריין) נוסד בשנת 1871, בית הכנסת מראשון נחנך בגראבנגאסה 14. בית כנסת גדול יותר נבנה בשנת 1872 – 1873, וגם בית עלמין. הקהילה היהודית נוסדה באופן רשמי בשנת 1878.
וילהלם רייך היה הרב הראשי של באדן יותר מארבעים שנים. בשנת 1931 ירש את מקומו ד"ר הרטוויג קרלבאך, שעמד בראש הקהילה עד 1938. וולף קוהן כיהן כרב בית הכנסת בוואסרגאסה 14. אחרי מותו בשנת 1913, תפס את מקומו חתנו שלמה פרידמן מדויטשקרויץ.
בימי מלחמת העולם הראשונה, הגיעו לבאדן פליטים מגליציה ופתחו שם בית מדרש בנוסח פולני, בגרמרגאסה 12.
אישים ילידי באדן: זוכה פרס נובל ברפואה, ד"ר קארל לנדשטיינר, מגלה סוגי הדם, אמיל ילינק, בנו של הרב הווינאי אדולף ילינק , יוצר מכונית המרצדס האגדית. בצעירותו עשה הון ממסחר בטבק באפריקה ובשנת 1884 התיישב בבאדן, וחי עם משפחתו בווילה מרצדס-ילינק. היה לו שיגעון לנהיגה ולמכוניות, ועבד כאיש מכירות של מפעל הרכב דיימלר. הוא האיץ במהנדסי דיימלר לפתח מכונית שתהיה נמוכה יותר ובטיחותית יותר מהמכוניות הגבוהות דמויות הכרכרה. המכונית נקראה על שם בתו של ילינק, מרצדס, והייתה למעשה "המכונית המודרנית הראשונה".
אלזו מקס ריינהרט (1873 – 1943) , שחקן, במאי ומפיק תיאטרון, נולד בבאדן בשם מקס גולדמן. ניהל את ה"דויטשה תאטר" בברלין ואת ה"תאטר אין דר יוזפשטאט" בווינה. חידש חידושים בתחום התפאורה והבימוי. מייסד סמינר ריינהרדט בווינה למשחק ובימוי (1929), ממייסדי פסטיבל זלצבורג ומנהלו. היגר לארצות הברית בשנת 1938.
בשנת 1932 חיו בבאדן 2,401 יהודים. לקהילה היו מוסדות וארגונים שונים, שלושה בתי כנסת, שלושה בתי תפילה, מקוה-טהרה, בית יתומים (נוסד 1921), חברה קדישא, ביקור חולים, ארגון נשים, וארגון הסיוע לעניים "הרמן טודסקו".
במרץ 1938, כשסופחה אוסטריה אל גרמניה הנאצית, נרשמו בבאדן 1,871 יהודים. מי שלא עזב עד סוף 1938 הועבר לויצמאנגאסה 1. ביום 1 באפריל נותרו בבאדן באופן חוקי 21 יהודים. הקהילה פורקה והוכפפה ל IKG בווינה (ארגון הגג של הקהילות היהודיות). העיר באדן השתלטה על רכושה של הקהילה היהודית.
שבעה יהודים, בהם ארבעה ילדים, הסתתרו בימי השואה בבאדן וניצלו. יהודים אחדים שבו לעיר אחרי השואה. התפילה הראשונה נערכה בקיץ 1952.