ב- 1342 העניק הדוכס לודוויג חסות ליהודי זלמן מאינסברוק ולצאצאיו, תמורת תשלום שנתי של 40 גולדנים.
יהודי אינסברוק נפגעו מן הרדיפות שהתחוללו אחרי עלילת לחם הקודש המחולל בפולקאו ב- 1338.
יש עדויות כי בשנת 1415 שוב חיו יהודים במקום. ב- 1434 נזכרים בתעודות שני משלמי מס יהודים. בשנים 1451-1476 חי באינסברוק היהודי זליגמן, רופאו של הדוכס זיגמונד. באינסברוק לא קיימו את צו הגירוש אל טירול מ- 1520.
ב- 1598 טען יהודי מקומי כי בית העלמין תחת לארמון ויירבורג היה בשימושם של אבותיו ושל יהודי אינסברוק במשך עידן ועידנים. לא ידוע האם קביעתו מתייחסת גם לתקופת ימי הביניים.