במקור הקדום ביותר המלמד על חיים יהודים באוסטריה של ימינו, ה"זלצבורגר פורמלבוך" (798 – 821), מוזכרים גם רופאים יהודים: הארכיבישוף ביקש מרוזן לשלוח אליו רופא יהודי או סלאבי.
במאה ה- 14 נהגו דוכסים מקרינתיה להתייעץ עם רופאים יהודים מאיטליה ("הרופא פסקולינו", "הרופא בונוונטורה", "בן הרופא המנוח יעקב"). בשנת 1432 העניק דוכס טירול פרידריך הרביעי פריבילגיות לרופא היהודי ראובן. בן הדוכס, זיגמונד, העסיק את היהודי זליגמן כמנתח. כמו כן, רופאו האישי של הקיסר פרידריך השלישי (1415 – 1493) היה יעקב לואנס, אשר ידוע גם בשל קשריו הרוחניים עם ההומניסט יוהנס רויכלין.
ובכל זאת, היהודים התקשו לרכוש השכלה רפואית רשמית. מסמך שיצא בווינה ב- 1401 אסר על יהודים לעסוק ברפואה מבלי לעבור קודם בחינה באוניברסיטה, אולם הפקולטות לרפואה היו סגורות בפני יהודים. רבים למדו את המקצוע מאב לבן, או בלימודי רפואה באוניברסיטה באיטליה.