מאמצע המאה ה- 13 נודעה אוסטריה בגדולי התורה שחיו בה. הפוגרומים של 1348 – 1349, כאשר הואשמו יהודים שהם הגורם למגיפת הדבר, פגעו בקהילות רבות בעמק הריין. באמצע המאה ה- 14, נוסדו בווינה, בווינר-נוישטאט ובקרמס ישיבות אשר משכו אליהן תלמידים מארצות שכנות. רבני אוסטריה היו בוגרי הישיבות הנודעות של צרפת ושל עמק הריין, ונודעו בשם "חכמי אוסטריה".
יהודי אוסטריה שמרו את המצוות כיהודים בכל מקום אחר, אולם במרוצת הזמן התפתחו והתגבשו מנהגים מקומיים שונים, "מנהג אוסטריה", שנבדל ממנהגי עמק הריין. בהמשך, כאשר עברו היהודים מזרחה, שימש מנהג אוסטריה בסיס ל"מנהג פולין".
ברבנות כיהנו לרוב בנים למשפחות אמידות, משום שבאותה תקופה עדיין לא הייתה זו משרה רשמית של הקהילה, בשכר. רבים מרבני אוסטריה היו קרובי משפחה. רובם התפרנסו משכר טרחה על משפטים, מעריכת נישואין וגירושין, ומהלוואה בריבית. תלמידי הישיבה שילמו שכר לימוד לראש הישיבה. עשירי הקהילה הרימו תרומות למימון לימודיהם של תלמידים עניים.
תלמידי הישיבה נהגו לנסוע ממקום למקום. בישיבה של הרב איסרליין בווינר-נוישטאט למדו תלמידים מארצות גרמניות, מבוהמיה, מאיטליה ומהונגריה. מסופר, כי פעם אחת נשאל הרב איסרליין בנוגע לתלמיד שעבר לארץ אחרת ללמוד בישיבה של רב גדול, אך אביו התנגד. איסרליין פסק כי במקרה כזה אין חובת ציות על התלמיד, והוא חופשי ללכת. במקרה אחר המליץ לא להגיע לארץ ישראל, כי אין בה מרכז תורני ראוי.
מספר בחורי ישיבה חיו בצל קורתו של הרב, לפעמים כמה שנים, בתנאי צפיפות שלא אחת הובילו למתחים בינם לבין משפחת הרב. אחדים עסקו בהימורים, או מתחו את סבלנותו של הרב בדרכים אחרות. בשנת 1450 בקירוב, הרב אברהם קצנלנבוגן מאופן התלונן מרות באזני עמיתו כי "בחור" שחי אצלו, שתה מיינו בחשאי, התגנב למרתף בלילה וגנב בשר ולחם. תלונות אחרות היו על פטפוט בעת התפילה, אכילה בזמן הלימודים או התפרעות קולנית והשלכת ספרים. הרב איסרלין נהג להעניש את העבריין, אך לא לסלקו מן הישיבה.
רבים מרבני אוסטריה הותירו אחריהם ספרים ופסיקות הלכה אשר לומדים אותם עד ימינו. הבולטים ביותר הם הרב יצחק בר משה "אור זרוע", הרב ישראל מקרמס, הרב אברהם קלאוזנר, הרב שלום מנוישטאט, הרב יקל מאגר, הרב אהרן בלומליין, וגם נכדו, הרב ישראל בר פתחיה המכונה איסרליין.