החינוך עמד בראש מעייניהם של יהודי אוסטריה. הורים ביקשו חינוך טוב לילדיהם, ומהגרים יהודים עניים נטו יותר מלא-יהודים מאותו רקע, לשלוח את הילדים לאחד מבתי הספר התיכונים בווינה, כרטיס הכניסה לאוניברסיטה. היהודים, ששיעורם במעמד הבינוני היה גבוה יחסית, היו הקבוצה עם מספר האקדמאים הגדול ביותר באירופה. במלותיה של מרשה ל. רוזנבליט: "אם לומר זאת בקצרה - בתיכון, יהודים מהמעמד הבינוני ספגו את מורשתה התרבותית של אירופה בחברת יהודים אחרים".
יהודי וינה תמכו בהקמת גני ילדים מודרניים, כאמצעי להקל על ההשתלבות ולאמץ תרבות מערבית עבור ילדים ממשפחות יוצאות גליציה. הם ראו בגן אלטרנטיבה ל"חדר" המסורתי. ראש תנועת הסטודנטים הציונית מגליציה בווינה "בר כוכבא" ערך השוואה בין הגן לחדר ודרש כי במקום החדר הצר, שבו אין מרחב, אין עיסוק בטבע, במשחק ובמוזיקה, יתחנכו הילדים ב"מקומות חינוכיים אמיתיים, גני ילדים יהודיים, אשר שמש, אור ואוויר חודרים אליהם, ובהם מתחזקים ילדינו, ואנו עצמנו."
עד שנת 1904 היה התיכון הנוקשה והאליטיסטי, אשר העניק חינוך הומניסטי ודרש מצוינות, הדרך היחידה ליהודים בממלכה ההבסבורגית להיכנס לאוניברסיטה, משאת נפשם התרבותית של כל מי שרצה להיות רופא או עורך דין. יהודים ראו בו בתיכון קרש קפיצה להצלחה מקצועית ולקבלה חברתית. למרות שהיוו בקושי עשרה אחוזים מאוכלוסיית וינה, היו היהודים כ- 30 אחוזים מתלמידי בתי הספר התיכונים לפני מלחמת העולם הראשונה. כשני שליש מבניהם של הורים ליברלים מן המעמד הבינוני, שהמשיכו ללמוד משפטים או רפואה באוניברסיטה, היו יהודים.
סטפן צווייג כתב בזיכרונותיו כי "כל משפחה מבוססת דאגה שהבנים ירכשו השכלה, ולו בשל סיבות חברתיות. הם למדו צרפתית ואנגלית, למדו להתוודע למוזיקה, הייתה להם אומנת פרטית, ובהמשך - מורים פרטיים ללמדם נימוסים טובים. אולם רק ההשכלה האקדמית, שהובילה לאוניברסיטה, הייתה בעלת ערך של ממש בימים ההם של ליברליזם נאור. ולכם הייתה זו שאיפתה של כל משפחה "טובה" להקדים לשמו של בן אחד לפחות את התואר "דוקטור".
העיתונאי ארנולד הלריגל ביטא עוד אמירה אופיינית, בדבר שאיפותיהם של סטודנטים שהגיעו מלכתחילה מרקע ליברלי: "חברי ללימודים בתיכון היו כולם בני סוחרים, רופאים ועורכי דין. אבל החלום היה להיות משהו אחר, משוררים או אולי פסלים. לפחות חמישה מבני כיתתי, בה למדו כשלושים תלמידים, אכן כתבו ופרסמו דברי ספרות."
בשנת 1910, מעל ל- 50 אחוזים מהתלמידים היהודים בתיכון ארצהרצוג-ריינר היו פטורים מתשלום מסים, והדבר מעיד בבירור על כך שמשפחות יהודיות עניות שלחו את הילדים לבתי הספר היוקרתיים ביותר כדי לאפשר להם להשיג מוביליות חברתית, הרבה יותר ממשפחות עניות לא-יהודיות. לעומת זאת, בבתי הספר המקצועיים ובמכללות היה אחוז היהודים נמוך מחלקם באוכלוסייה.
גם בעניין ההשכלה לבנות נבדלו היהודים מהלא-יהודים. יותר הורים יהודים הקנו השכלה לבנותיהם מאשר הורים לא-יהודים. לפני מלחמת העולם הראשונה לא הותרה כניסת נשים לתיכונים, ולא למחלקות האוניברסיטה. קרנות וארגונים פרטיים הקימו כמה מוסדות תיכוניים שש-שנתיים לבנות. באחד מבתי הספר האלה, בשנת הלימודים 1895/96, 57 אחוזים מהתלמידות היו יהודיות. ב- 1910 46 אחוזים מהתלמידות היו יהודיות. בית הספר הראשון מסוג זה בווינה נוסד על ידי ד"ר אויגן שוורצוואלד החרוץ והבלתי נלאה, בשנת 1901.
ההתחלה הייתה במבנה צנוע, ובהמשך עבר בית הספר למבנה ששיפץ ועיצב אדולף לוס. בית הספר היה מוקד משיכה לנערות רבות מן המעמד הגבוה, שעבורו חינוך לבנות היה סמל סטטוס. כמעט 70 אחוזים מתוך 164 התלמידות בשנת 1910/11 היו יהודיות. בתיכונים אחרים לבנות, כמו זה של ד"ר אמלי סובל או ד"ר אולגה ארנהאפט-שטיינדלר, כ- 90 אחוזים מהתלמידות היו יהודיות.
הגימנזיום היהודי הפרטי, שבשנת 1927 נקרא על שם הרב הראשי צבי פרץ חיות, נפתח בשנת 1919. רוב התלמידים היו ממשפחות יוצאות גליציה. הגישה החינוכית, ברוח הרב פרץ חיות, ניסתה לשלב בין מגמות השתלבות לבין אורתודוכסיה, בין נטיות ציוניות ושאיפות לאומיות לבין חינוך הומניסטי. זהות תרבותית יהודית בשילוב עם נאמנות לחברה. היה זה בית ספר משולב, סגור בימי שבת ופתוח בימי ראשון. עברית לימדו בו בהקשר תרבותי-ספרותי , ולא דתי.
בשנת 1935/36 נפתח בקסטלצגאסה 35 בית ספר יסודי. מחזור הבוגרים האחרון סיים את הלימודים ביוני 1938, אחרי סיפוחה של אוסטריה לגרמניה הנאצית. המנהל האגדי ד"ר ויקטור קלנר, אמר אז לבוגרים: "איני יודע מה צופן לכם העתיד. אולם דבר אחד אומר לכם בביטחון: 'שמע ישראל' ייאמר הרבה אחרי 'הייל היטלר'". בית הספר נסגר בשנת 1941, עד אז השתמש בו הגסטפו כמקום כינוס ליהודי וינה לפני גירושם. בית הספר נפתח מחדש, באותו מקום, ביום 19 בספטמבר 1984.
הצעד הבא אחרי גמר התיכון היה הכניסה לאוניברסיטה. אוניברסיטת וינה משכה אליה סטודנטים מכל הממלכה ההבסבורגית. חלקם של הסטודנטים היהודים היה גדול מחלקם היחסי באוכלוסייה. בשנות ה- 80 של המאה ה- 19 היוו היהודים שליש מכלל הסטודנטים . ב- 1904 מספר הסטודנטים היהודים ירד לקצת פחות מרבע. עד אחרי מלחמת העולם הראשונה, בפקולטה לרפואה היה אחוז היהודים הגבוה ביותר, רבים מהם ממזרח אירופה. ב- 1890 כמעט 50 אחוזים מכל תלמידי הרפואה היו יהודים.
המנתח המפורסם תיאודור בילרוט הזהיר בשנת 1875 מפני הסכנות בהשתלטות היהודים על מקצוע הרפואה. הוא התנגד למספר הגדול של תלמידי רפואה יהודים חדשים מהמזרח, אשר עוניים והגרמנית הדלה שבפיהם יורידו את הסטנדרטים האקדמיים. בילרוט טען כי יהודים אינם רק בני דת שונה, אלא בני גזע אחר. לימים התרחק בילרוט מהשקפה זו, ואף היה חבר בליגה למאבק באנטישמיות, אולם דבריו (שפורסמו בספר) הדהדו והאנטישמיות באוניברסיטה נפוצה מאד, בקרב מורים ותלמידים כאחד.
סטפן צווייג (נולד ב- 1881) , סטודנט באוניברסיטת וינה בתחילת המאה העשרים, כתב בזיכרונותיו: "לא בבית הספר ולא באוניברסיטה, מעולם לא חשתי אפילו תחושה קלה של דיכוי או השפלה בתור יהודי". תיאורו של מרטין פרויד, בנו של זיגמונד פרויד, סטודנט למשפטים, נשמע טיפוסי יותר:
" יום אחד, כשהגעתי לאוניברסיטה, הקיפה חגורת שוטרים את הכניסה ולא יכולתי להיכנס. המשטרה הגיעה, משום שמשני עברי המעקה בשולי שתי הדרכים הרחבות והמשופעות שהובילו לאוניברסיטה, התחולל קרב בין סטודנטים גרמנים-אוסטרים לבין סטודנטים יהודים. הם נלחמו במקלות ואגרופים, והיהודים היו במיעוט, ביחס של כמעט אחד מול חמישה.
היה ברור למדי שאין להם סיכוי, אולם המחזה היה נהדר: יהודים, בנים לעם שסבל רדיפות ואכזריות, משיבים מלחמה שערה. המשטרה לא הורשתה להיכנס אל תחום האוניברסיטה להפריד בין נצים, ולכן חיכו השוטרים בסבלנות בחוץ עד שהתמוטטו הגדרות מעומס משקלם של האנשים הנלחמים. כך הסתיים הקרב, משום שהמשתתפים ביקשו לחמוק ממעצר, ולא היו פנויים עוד להמשיך ולהילחם."
סטודנטים יהודים הותקפו לעתים קרובות והאנטישמיות באוניברסיטאות ובמכללות הייתה כה נפוצה עד כי ראו בה דבר כמעט מובן מאליו. אחוות הסטודנטים דרשו נומרוס קלאוזוס לכל היהודים, לא רק למזרח אירופים. אלה האחרונים, מאחר ואחרי מלחמת העולם הראשונה לא הותר להם ללמוד באוניברסיטאות פולניות, ניסו ללמוד בווינה, אלא שחזרתם של משוחררי צבא אוסטרים יצרה מחסור במקומות והרגשות האנטי יהודים גברו.
אחרי המלחמה , בתקופת הרפובליקה, הכאות מאורגנות של יהודים, שהיו נדירות קודם לכן, נהיו לדבר שבשגרה. לא רק בווינה הייתה אנטישמיות אקדמית, אלא גם באוניברסיטה של גראץ ואינסברוק.
שלושה סטודנטים יהודים ממזרח אירופה, שנפגעו מסילוקם מאחוות הסטודנטים והושפעו מרעיון התחייה הלאומית של פרץ סמולנסקין, יסדו בשנת 1882 את המועדון הלאומי "קדימה". השם סימל את "שאיפתנו מזרחה, אך גם קידמה והתקדמות" (ראובן בירר, ממייסדי "קדימה"). "קדימה" השפיע על הרצל וזכה לתמיכתו אחרי פרסום "מדינת היהודים". אחרי שחזה בקרב שתואר לעיל, בירר מרטין פרויד את זהות הסטודנטים היהודים האמיצים. נאמר לו שהשתייכו לקבוצות סטודנטים ציוניות, וכי האמיץ שבהם הוא חבר "קדימה":
"מטה המועדון שכן ברובע הדל בו גרנו (הרובע התשיעי). הלכתי לשם בלי היכרות מוקדמת, והצטרפתי אליהם."
בשנת 1897, כשהפקולטה לפילוסופיה של אוניברסיטת וינה פתחה לבסוף את שעריה בפני נשים, היו בין החלוצות סטודנטיות יהודיות. שמונה סטודנטיות, רבע מכלל הזכאיות לתעודת בגרות, היו ממוצא יהודי. בסמסטר החורף של 1913/14 כמעט 40 אחוזים מהתלמידות בפקולטה היו יהודיות. בשנת 1900 הותר לנשים ללמוד רפואה ורוקחות. למן ההתחלה, 63 אחוזים מהתלמידות היו יהודיות. 13 שנים אחר כך עדיין 60 אחוזים היו יהודיות, 44.5 אחוזים מהן מגליציה. בין שתי מלחמות העולם ירד שיעורן משום שליהודים ממזרח אירופה נהיה קשה יותר להתקבל ללימודים בווינה. בשנים 1933 - 1944 פחות מ- 40 אחוזים מהסטודנטיות לרפואה היו יהודיות.