עד 1867

במאה ה- 16 ובתחילת המאה ה- 17 לא סבלו יהודי אוסטריה מאפלייה רבה. אולם בשנת 1669 החל גל חדש של גירוש. המלך לאופולד הראשון מינה את הבישוף הרוזן קולנוך לזרז את גירוש היהודים מאוסטריה. צו הגירוש נשאר בתוקף עד 1848.

גירוש היהודים הביא להשלכות כלכליות קשות, ועל כן הזמין הקיסר את היהודים האמידים לשוב. כמה יהודי חצר הורשו להישאר עם משרתיהם. במאה ה- 17, קהילת וינה שיגשגה וצברה השפעה ועוצמה, רבים ממנהיגיה היו אנשי חצר. בין הנודעים ביותר היו שמואל אופנהיימר ושמשון ורטהיימר, מלומדים שומרי מצוות שקנו תהילה כנציגי החצר. ב- 1683, סיפקו השניים תמיכה פיננסית לצבא האוסטרי במאבקו כנגד הפלישה הטורקית, ובכך חיזקו עוד יותר את קשריה של הקהילה היהודית.

תחת ארבעים שנות שלטונה (1740 – 1780) של מריה תרזיה, שהייתה אנטישמית, הוצאו חוקים מפלים רבים ומצבם של יהודי אוסטריה החמיר. בשנת 1727 הוצעו חוקים שנועדו להגביל את כמות האוכלוסייה היהודית, והתירו רק לבן הבכור בכל משפחה יהודית להינשא. האווירה המתוחה התרופפה במקצת ב- 1782, כשיוזף השני, בנה ויורשה של מריה תרזיה, עלה לכס המלכות והסיר חלק גדול מן המגבלות. במאה ה- 18, ניסה יוזף השני לשלב יהודים בזרם המרכזי בחברה על ידי ביטול צעדים רבים שהסדירו את האוטונומיה ואת ההפרדה. יוזף השני עודד התבוללות ויהודים הורשו ללמוד בבתי הספר ובאוניברסיטאות, ולשרת בצבא.
אחרי מותו של יוזף השני יושמו מחדש רבים מן החוקים נגד היהודים, שביטל בחייו. אילצו ילדים יהודים ללמוד בבתי ספר נוצריים, התירו להם תפילה רק בלשון המדינה. אחרי מהפיכת 1848, קיבלו היהודים זכויות אזרח, בין היתר מפני שהשתתפו במלחמת האזרחים של 1848 והורשו ליצור קהילות דתיות אוטונומיות משלהם. יהודים אחדים נבחרו לפרלמנט. המס היהודי בוטל, וגם ההגבלות על הנישואין. חוקת 1849 ביטלה כל אפלייה על רקע דת. על אף כל זאת, נדרשו יהודים להמציא רשיונות נישואין מיוחדים, גם אם לא היו מוגבלים עוד במספר הנישואין. כמו כן, זכות היהודים להיות בעלי נדל"ן התעכבה. בחוקת 1867 אושרר חופש הדת, ומצבם של יהודי אוסטריה השתפר.

באותה שנה קיבלו זכויות אזרחיות מלאות, מה שהוביל לזרם הגירה ממזרח האימפריה האוסטרו-הונגרית ובייחוד מבוקובינה, מגליציה, מצ'כיה ומהונגריה.