נולד בגורליץ, גרמניה. לימד באוניברסיטת וינה בשנים 1928 – 1938, וניהל את המכון האוסטרי לחקר מעגל העסקים בשנים 1931 – 1938
כשסיפחו הנאצים את אוסטריה, במרץ 1938, עבר לארצות הברית, למיד באוניברסיטת פרינסטון (קיבל קביעות ב- 1944), ומשנת 1948 ניהל את תכנית המחקר הכלכלית שם. 1955 – 1957 שימש יועץ לועדה לאנרגיה אטומית של ארצות הברית, ובשנים 1959 – 1960 שימש יועץ הבית הלבן לענייני אנרגיה אטומית.
מורגנשטרן פרסם ספרים רבים, בעיקר בתחום הכלכלה והמעגלים העסקיים.